Tekh. Informasi UAS (take home test)

Hallo… semuanya, ^-^
kembali lagi nih aku mau kasih sebuah informasi yang
excited banget buat kalian baca
coba deh kalian klik ajah di sini….. >>>> excited


Oh.. iyah ini aku sertain juga terjemahanya sekaligus ringkasan dari jurnal yang kalian baca  di atas tadi, 

Genomic resources for a commercial flatfish, the Senegalese sole
(Solea senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design, and
development of the Soleamold bioinformatic platform

Sumber Genomik untuk ikan komersial (flatfish) atau (Solea senegalensis): Urutan EST, Desain Oligomicroarray, dan Pengembangan pada platform bioinformatic Soleamold.

Solea senegalensis, adalah flatfish yang sangat berharga untuk kepentingan komersial dan  untuk akuakultur di Eropa Selatan. Akan tetapi, industri produksi spesies ini terhambat terutama oleh kurangnya informasi tentang fisiologis mekanisme yang terlibat dalam reproduksi, pertumbuhan dan kekebalan, informasi genom yang sangat terbatas. Studi ini mungkin akan sangat berguna dalam menyediakan informasi fisiologis dan genetika dasar untuk penanda dalam membantu menyelesaikan masalah pertumbuhan dan peningkatkan ketahanan terhadap penyakit, atau untuk mengidentifikasi gen kunci dan jaringan genetik yang terlibat dalam produksi gamet yang berkualitas.

Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah yang pertama kali dilakukan yaitu melakukan sampling biota ikan flatfish, kemudian tahap kedua adalah melakukan normalisasi cDNA libraries. Tahap yang ketiga adlah melakukan sekuensing dan analisis perakitan contig sebagai fungsi karakter dari EST. Selanjutnya melakukan desain Oligo , sebagai fabrikasi microarray dan kontrol kualitas. Tahapan terakhir yang dilakukan adalah ekstraksi RNA, yaitu hibridisasi microarray dan analisis.

Hasil yang didapat diduga dari spesies ini dari pembentukan database EST untuk spesies ikan flatfish yang berisi urutan cDNA 5.208, dan pembangunan serta validasi dari oligo-berbasis microarray untuk mendeteksi 5.087 transkrip. Setelah dilakukan pemangkasan dan vektor penghapusan kontaminan,10.185 berkualitas tinggi urutan diperoleh dengan panjang rata-rata sekitar 600-700 bp, dengan mayoritas menjadi 700 bp. Urutan ini telah diserahkan keGenBank (aksesi nomor: FF281814-FF291996). Analisis Clustering menghasilkan 5.208 urutan yang unik, menunjukkan faktor redundansi 1,9. Hal ini sebanding dengan yang diperoleh positif di lain perpustakaan cDNA dinormalisasi tersedia dalam database UniGene dimana sedikitnya 5.000 klon diurutkan dari perpustakaan dibuat dari campuran jaringan yang berbeda. Soleamold, dikembangkan untuk mengakomodasi database EST dan hasil dari microarray dan dalam percobaan hibridisasi in situ (ISH), disajikan. Saat ini, platform ini hanya berisi data perkembangan gonad Senegal tunggal tetapi dapat diperpanjang di masa depan dengan data dari jaringan lain dan organ, serta dari flatfish lainnya, untuk menjadi alat yang ampuh untuk penelitian genom flatfish.

            Soleamold dirancang mengikuti arsitektur dua klien desktop mandiri yang bertanggung jawab atas presentasi data dan pengolahan, dan manajemen database relasional sistem (DBMS) untuk penanganan organisasi data, penyimpanan dan pengambilan. Arsitektur ini memungkinkan untuk konkuren remote akses oleh pengguna dengan cara yang cukup scalable. Standalone adalah aplikasi lebih sulit untuk diimplementasikan tetapi mereka memungkinkan tingkat yang lebih tinggi interaktivitas, dan secara umum, untuk pengalaman pengguna yang lebih kaya daripada mereka yang webberbasis. Java J2SDK [62] dipilih untuk implementasi klien untuk memastikan portabilitas melalui sistem operasi, sementara MySQL [63] dipilih sebagai DBMS. MySQL milik Java Database Connectivity (JDBC) driver digunakan untuk klien koneksi. Soleamold tersedia melalui Spanyol Institut Nasional dari situs Bioinformatika

Disusun Oleh :

SIGMUND QORY ANDREAS
26010210110017
BDP