Tekh. Informasi UAS (take home test)

Hallo… semuanya, ^-^
kembali lagi nih aku mau kasih sebuah informasi yang
excited banget buat kalian baca
coba deh kalian klik ajah di sini….. >>>> excited


Oh.. iyah ini aku sertain juga terjemahanya sekaligus ringkasan dari jurnal yang kalian baca  di atas tadi, 

Genomic resources for a commercial flatfish, the Senegalese sole
(Solea senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design, and
development of the Soleamold bioinformatic platform

Sumber Genomik untuk ikan komersial (flatfish) atau (Solea senegalensis): Urutan EST, Desain Oligomicroarray, dan Pengembangan pada platform bioinformatic Soleamold.

Solea senegalensis, adalah flatfish yang sangat berharga untuk kepentingan komersial dan  untuk akuakultur di Eropa Selatan. Akan tetapi, industri produksi spesies ini terhambat terutama oleh kurangnya informasi tentang fisiologis mekanisme yang terlibat dalam reproduksi, pertumbuhan dan kekebalan, informasi genom yang sangat terbatas. Studi ini mungkin akan sangat berguna dalam menyediakan informasi fisiologis dan genetika dasar untuk penanda dalam membantu menyelesaikan masalah pertumbuhan dan peningkatkan ketahanan terhadap penyakit, atau untuk mengidentifikasi gen kunci dan jaringan genetik yang terlibat dalam produksi gamet yang berkualitas.

Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah yang pertama kali dilakukan yaitu melakukan sampling biota ikan flatfish, kemudian tahap kedua adalah melakukan normalisasi cDNA libraries. Tahap yang ketiga adlah melakukan sekuensing dan analisis perakitan contig sebagai fungsi karakter dari EST. Selanjutnya melakukan desain Oligo , sebagai fabrikasi microarray dan kontrol kualitas. Tahapan terakhir yang dilakukan adalah ekstraksi RNA, yaitu hibridisasi microarray dan analisis.

Hasil yang didapat diduga dari spesies ini dari pembentukan database EST untuk spesies ikan flatfish yang berisi urutan cDNA 5.208, dan pembangunan serta validasi dari oligo-berbasis microarray untuk mendeteksi 5.087 transkrip. Setelah dilakukan pemangkasan dan vektor penghapusan kontaminan,10.185 berkualitas tinggi urutan diperoleh dengan panjang rata-rata sekitar 600-700 bp, dengan mayoritas menjadi 700 bp. Urutan ini telah diserahkan keGenBank (aksesi nomor: FF281814-FF291996). Analisis Clustering menghasilkan 5.208 urutan yang unik, menunjukkan faktor redundansi 1,9. Hal ini sebanding dengan yang diperoleh positif di lain perpustakaan cDNA dinormalisasi tersedia dalam database UniGene dimana sedikitnya 5.000 klon diurutkan dari perpustakaan dibuat dari campuran jaringan yang berbeda. Soleamold, dikembangkan untuk mengakomodasi database EST dan hasil dari microarray dan dalam percobaan hibridisasi in situ (ISH), disajikan. Saat ini, platform ini hanya berisi data perkembangan gonad Senegal tunggal tetapi dapat diperpanjang di masa depan dengan data dari jaringan lain dan organ, serta dari flatfish lainnya, untuk menjadi alat yang ampuh untuk penelitian genom flatfish.

            Soleamold dirancang mengikuti arsitektur dua klien desktop mandiri yang bertanggung jawab atas presentasi data dan pengolahan, dan manajemen database relasional sistem (DBMS) untuk penanganan organisasi data, penyimpanan dan pengambilan. Arsitektur ini memungkinkan untuk konkuren remote akses oleh pengguna dengan cara yang cukup scalable. Standalone adalah aplikasi lebih sulit untuk diimplementasikan tetapi mereka memungkinkan tingkat yang lebih tinggi interaktivitas, dan secara umum, untuk pengalaman pengguna yang lebih kaya daripada mereka yang webberbasis. Java J2SDK [62] dipilih untuk implementasi klien untuk memastikan portabilitas melalui sistem operasi, sementara MySQL [63] dipilih sebagai DBMS. MySQL milik Java Database Connectivity (JDBC) driver digunakan untuk klien koneksi. Soleamold tersedia melalui Spanyol Institut Nasional dari situs Bioinformatika

Disusun Oleh :

SIGMUND QORY ANDREAS
26010210110017
BDP 

tugas Tekh. Informasi ( BIOINFORMATIC OF AQUACULTURE)

Hai….hai….hai….  ^-^
pada lagi sibuk ngapain nie sobat-sobat… ?????
By the way aku punya bacaan seru nih, buat kamu-kamu anak perikanan
yang suka bereksperimen dalam ngembangin bakat budidaya kalian….
coba klik ajah di sini ajah oke……>>>>> Mantabbb.....

Gimana sobat, setelah kalian baca jurnal tadi????
pastinya seru kan???
nie aku kasih liat ringkasan secara garis besar jurnal di atas tadi
buat kamu yang belum ngrasa ngeh baca tulisan yang panjang n banyak …hehehehe……

KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU (Paneus monodon )

               

       Transgenesi pada ikan merupakan sebuah teknik modern yang berpotensi besar dalam menghasilkan organism yang memiliki karakter lebih baik melalui rekombinan DNA gen target termasuk gen anti virus dalam peningkatan resistensi pada udang. Jurnal dibawah ini membahas mengenai penelitian tentang bagaimana mengetahui karakteristik gen anti virus  yang diisolasi dari udang windu (Paneus monodon ). 

     Isolasi gen anti virus yang diisolasi dari udang windu menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan selanjutnya dipurifikasi untuk sekuensing. Data yang bdihasilkan dianalisis dengan program Genetyx Versi 7 dan Basic local aligment search tool (BLAST). Penggunaan teknik biologi molekuler untuk memproduksi udang yang memiliki ketahanan tinggi (resisten) terhadap pathogen melalui teknologi transformasi genetic merupakan peluang besar strategi dalam pengendalian penyakit pada udang. Hal ini merupakan suatu alternative pemecahan masalah penyakit pada akuakultur. Upaya peningkatan resistensi udang windu terhadap penyakit telah dilakukan melalui injeksi protein rekombinan GST-PAP (glutathione-S-transferase-Phagocytosis Activating Protein). 

       Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah udang windu (50-70 g) yang tidak terkena serangan WSSV dikoleksi dari tambak udang di Sulawesi Selatan. Hepatopankreas udang windu diambil secara aseptic sebagai bahan untuk ekstraksi RNA. Metode yang digunakan untuk melakukan penelitian ini adlah meliputi yang pertama adlah ekstraksi RNA, lalu sintesis cDNA dengan RT-PCR, kemudian dilanjutkan Isolasi gen Anti virus, dan selanjutnya adalah Purifikasi dan sekuensing gen antivirus setelah itu langkah terakhir adalah Menganalisis data. Setelah dilakukan penelitian ternyata Gen anti Virus PmAV telah berhasil diisolasi dari cDNA udang windu (Paneus monodon) yang memiliki sekuen yang identik (100%) dengan gen anti virus yang ada pada Bank Gen. Gen anti virus tersebut tersusun atas 170 asam amino, dimana komposisi asam amino gen tertinggi adalah serin (10%), sedangkan yang terkecil adalah prolin dan lisin masing-masing 1,76%. Analisis sekuen memperlihatkan keberadaan C-type lectin-like domain  (CTLD) yang merupakan indikator utama suatu gen pengkode anti virus.

 

Udang windu

Disusun Oleh :

SIGMUND QORY ANDREAS
26010210110017
BDP