Tekh. Informasi UAS (take home test)

Hallo… semuanya, ^-^
kembali lagi nih aku mau kasih sebuah informasi yang
excited banget buat kalian baca
coba deh kalian klik ajah di sini….. >>>> excited


Oh.. iyah ini aku sertain juga terjemahanya sekaligus ringkasan dari jurnal yang kalian baca  di atas tadi, 

Genomic resources for a commercial flatfish, the Senegalese sole
(Solea senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design, and
development of the Soleamold bioinformatic platform

Sumber Genomik untuk ikan komersial (flatfish) atau (Solea senegalensis): Urutan EST, Desain Oligomicroarray, dan Pengembangan pada platform bioinformatic Soleamold.

Solea senegalensis, adalah flatfish yang sangat berharga untuk kepentingan komersial dan  untuk akuakultur di Eropa Selatan. Akan tetapi, industri produksi spesies ini terhambat terutama oleh kurangnya informasi tentang fisiologis mekanisme yang terlibat dalam reproduksi, pertumbuhan dan kekebalan, informasi genom yang sangat terbatas. Studi ini mungkin akan sangat berguna dalam menyediakan informasi fisiologis dan genetika dasar untuk penanda dalam membantu menyelesaikan masalah pertumbuhan dan peningkatkan ketahanan terhadap penyakit, atau untuk mengidentifikasi gen kunci dan jaringan genetik yang terlibat dalam produksi gamet yang berkualitas.

Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah yang pertama kali dilakukan yaitu melakukan sampling biota ikan flatfish, kemudian tahap kedua adalah melakukan normalisasi cDNA libraries. Tahap yang ketiga adlah melakukan sekuensing dan analisis perakitan contig sebagai fungsi karakter dari EST. Selanjutnya melakukan desain Oligo , sebagai fabrikasi microarray dan kontrol kualitas. Tahapan terakhir yang dilakukan adalah ekstraksi RNA, yaitu hibridisasi microarray dan analisis.

Hasil yang didapat diduga dari spesies ini dari pembentukan database EST untuk spesies ikan flatfish yang berisi urutan cDNA 5.208, dan pembangunan serta validasi dari oligo-berbasis microarray untuk mendeteksi 5.087 transkrip. Setelah dilakukan pemangkasan dan vektor penghapusan kontaminan,10.185 berkualitas tinggi urutan diperoleh dengan panjang rata-rata sekitar 600-700 bp, dengan mayoritas menjadi 700 bp. Urutan ini telah diserahkan keGenBank (aksesi nomor: FF281814-FF291996). Analisis Clustering menghasilkan 5.208 urutan yang unik, menunjukkan faktor redundansi 1,9. Hal ini sebanding dengan yang diperoleh positif di lain perpustakaan cDNA dinormalisasi tersedia dalam database UniGene dimana sedikitnya 5.000 klon diurutkan dari perpustakaan dibuat dari campuran jaringan yang berbeda. Soleamold, dikembangkan untuk mengakomodasi database EST dan hasil dari microarray dan dalam percobaan hibridisasi in situ (ISH), disajikan. Saat ini, platform ini hanya berisi data perkembangan gonad Senegal tunggal tetapi dapat diperpanjang di masa depan dengan data dari jaringan lain dan organ, serta dari flatfish lainnya, untuk menjadi alat yang ampuh untuk penelitian genom flatfish.

            Soleamold dirancang mengikuti arsitektur dua klien desktop mandiri yang bertanggung jawab atas presentasi data dan pengolahan, dan manajemen database relasional sistem (DBMS) untuk penanganan organisasi data, penyimpanan dan pengambilan. Arsitektur ini memungkinkan untuk konkuren remote akses oleh pengguna dengan cara yang cukup scalable. Standalone adalah aplikasi lebih sulit untuk diimplementasikan tetapi mereka memungkinkan tingkat yang lebih tinggi interaktivitas, dan secara umum, untuk pengalaman pengguna yang lebih kaya daripada mereka yang webberbasis. Java J2SDK [62] dipilih untuk implementasi klien untuk memastikan portabilitas melalui sistem operasi, sementara MySQL [63] dipilih sebagai DBMS. MySQL milik Java Database Connectivity (JDBC) driver digunakan untuk klien koneksi. Soleamold tersedia melalui Spanyol Institut Nasional dari situs Bioinformatika

Disusun Oleh :

SIGMUND QORY ANDREAS
26010210110017
BDP 

tugas Tekh. Informasi ( BIOINFORMATIC OF AQUACULTURE)

Hai….hai….hai….  ^-^
pada lagi sibuk ngapain nie sobat-sobat… ?????
By the way aku punya bacaan seru nih, buat kamu-kamu anak perikanan
yang suka bereksperimen dalam ngembangin bakat budidaya kalian….
coba klik ajah di sini ajah oke……>>>>> Mantabbb.....

Gimana sobat, setelah kalian baca jurnal tadi????
pastinya seru kan???
nie aku kasih liat ringkasan secara garis besar jurnal di atas tadi
buat kamu yang belum ngrasa ngeh baca tulisan yang panjang n banyak …hehehehe……

KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU (Paneus monodon )

               

       Transgenesi pada ikan merupakan sebuah teknik modern yang berpotensi besar dalam menghasilkan organism yang memiliki karakter lebih baik melalui rekombinan DNA gen target termasuk gen anti virus dalam peningkatan resistensi pada udang. Jurnal dibawah ini membahas mengenai penelitian tentang bagaimana mengetahui karakteristik gen anti virus  yang diisolasi dari udang windu (Paneus monodon ). 

     Isolasi gen anti virus yang diisolasi dari udang windu menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan selanjutnya dipurifikasi untuk sekuensing. Data yang bdihasilkan dianalisis dengan program Genetyx Versi 7 dan Basic local aligment search tool (BLAST). Penggunaan teknik biologi molekuler untuk memproduksi udang yang memiliki ketahanan tinggi (resisten) terhadap pathogen melalui teknologi transformasi genetic merupakan peluang besar strategi dalam pengendalian penyakit pada udang. Hal ini merupakan suatu alternative pemecahan masalah penyakit pada akuakultur. Upaya peningkatan resistensi udang windu terhadap penyakit telah dilakukan melalui injeksi protein rekombinan GST-PAP (glutathione-S-transferase-Phagocytosis Activating Protein). 

       Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah udang windu (50-70 g) yang tidak terkena serangan WSSV dikoleksi dari tambak udang di Sulawesi Selatan. Hepatopankreas udang windu diambil secara aseptic sebagai bahan untuk ekstraksi RNA. Metode yang digunakan untuk melakukan penelitian ini adlah meliputi yang pertama adlah ekstraksi RNA, lalu sintesis cDNA dengan RT-PCR, kemudian dilanjutkan Isolasi gen Anti virus, dan selanjutnya adalah Purifikasi dan sekuensing gen antivirus setelah itu langkah terakhir adalah Menganalisis data. Setelah dilakukan penelitian ternyata Gen anti Virus PmAV telah berhasil diisolasi dari cDNA udang windu (Paneus monodon) yang memiliki sekuen yang identik (100%) dengan gen anti virus yang ada pada Bank Gen. Gen anti virus tersebut tersusun atas 170 asam amino, dimana komposisi asam amino gen tertinggi adalah serin (10%), sedangkan yang terkecil adalah prolin dan lisin masing-masing 1,76%. Analisis sekuen memperlihatkan keberadaan C-type lectin-like domain  (CTLD) yang merupakan indikator utama suatu gen pengkode anti virus.

 

Udang windu

Disusun Oleh :

SIGMUND QORY ANDREAS
26010210110017
BDP

tugas TI bu lestari

hallo para pengunjung blog teramazing di dunia...^-^ 

ni aku punya bacaan yang exciting buat kalian baca, 

n pastinya kalian bisa mengambil ilmu yang bisa membuka wawasan teknologi termutahir saat ini.......
coba yaa,,,,,, ni di klik       teknik penginderaan

gimana pembaca yang cantik dan cakep setelah ngebaca jurnal tadi??????
pastinya seru kan,????
ni buat kamu-kamu yang belum terlalu ngeh ngebaca yang tadi karena tulisanya yang panjang n g ada ambar-gambar unyu-unyunya.... hehehehe :-P

ANALISA JURNAL DI ATAS :

            Secara garis besar jurnal dengan judul “Analisis Liputan Awan Berdasarkan Citra Satelit Penginderaan Jauh” membahas mengenai bagaimana menentukan karakteristik dari awan di daerah Sulawesi selatan dengan menggunakan  sistem penginderaan jauh dan mengkombinasikanya dengan system radar cuaca. Hal ini bertujuan untuk mengetahui penggunaan dan pemanfaatan data satelit untuk memantau parameter cuaca.

 

Satelit penginderaan jauh dapat digunakan untuk mempelajari fenomena meteorologi, yang meliputi pembuatan peta awan, penentuan korelasi antara curah hujan dengan jenis awan dan liputan awan, penentuan variasi tahunan liputan awan, serta pembuatan peta suhu dan peramalan cuaca lainnya. Jurnal ini membahas mengenai jenis-jenis awan dan liputan awan berdasarkan data citra yang diperoleh dari satelit penginderaan dan dibandingkan dengan data klimatologi untuk wilayah Sulawesi Selatan. Penginderaan jarak jauh didasarkan pada pancaran gelombang electromagnet. Penginderaan jarak jauh adalah suatu teknik melihat dan mengamati obyek yang letaknya jauh, untuk mendapatkan informasi tentang gambaran obyek tersebut. Untuk dapat diamatai, objek yang diindera dihubungkan oleh suatu gelombang elektromagnetik. Gelombang elektromagnetik merupakan gelombag hasil pancaran dari sasaran yang terindera oleh sensor sistem satelit yang berada di ruang angkasa pada ketinggian tertentu.

Dari pengamatan melalui satelit, data yang didapatkan memberikan suatu informasi yang memudahkan untuk membedakan karakteristik awan. Awan yang ditangkap oleh satelit tergambarkan dalam bentuk dan dengan skala yang besar. Pada awan dapat dibedakan menurut tingkat keabuannya (gray level). Permukaan yang gelap menggambarkan permukaan yang panas, sedangkan yang lebih dingin tampak lebih putih. Pada foto visible, tingkat keabuan dari gambar awan tergantung pada daya refleksi awan akan tampak semakin putih. Untuk mengidentifikasi awan menggunakan pencitraan satelit adalah dengan menggunakan hasil warna yang dapat dilihat dari citra satelit. Citra satelit berwarna mempunyai peranan yang sangat baik dalam pendugaan jenis-jenis awan yang lebih cermat dan jelas, karena jenis dan struktur awannya sangat menonjol dan mudah diidentifikasi.  

Tabel 2. Hasil Klasifikasi Awan melalui Citra Satelit Penginderaan Jauh

Jenis	Citra Awan Dari Satelit
Awan	Warna	Tabel/Tipis	Temperatur	Ketinggian
Ci	Putih	Tebal	Dingin	Tinggi
	Kebiru-biruan	Tipis	Dingin	Tinggi
Cb	Putih	Tebal	Dingin	Tinggi
Ac	Kuning	Relatif Panas	Sedang
	Agak Terang	Tebal	Relatif Panas	Sedang
Ns	Putih	Tebal	Relatif Panas	Sedang
Cs	Putih	Tebal	Relatif Panas	Rendah
Cu	Hijau Binti-bintik	Tebal	Relatif Panas	Rendah
ScSt	Hijau	Tebal	Relatif Panas	Rendah

Melalui citra berwarna ini kita dapat langsung membedakan jenis jenis awan mulai dari awan yang tinggi (Ci) dan awan yang terendah (St). Dari hasil pengamatan yang dilakukan menunjukkan bahwa komposit warna gabungan dari kanal vis dan ir dari citra satelit tanggal 15 September 1992 menunjukkan awan tebal dan dingin, sedangkan warna hijau menyatakan awan tebal dan panas (temperaturnya agak tinggi). SedangkaN awan yang berwarna biru adalah merupakan deretan awan-awan kumulus.      

             

Analisis melalui citra satelit khususnya citra berwarna sangat baik karena jenis-jenis awan dan liputan tersebut dapat langsung dibedakan dengan cara melihat komposisi warna yang tampak pada citra tersebut. Hasil analisis liputan awan melalui citra satelit dengan pengamatan secara visual maupun radar cuaca menunjukkan hasil yang saling mendukung. Melalui citra satelit dapat dipantau liputan awan secara global dengan cakupan yang luas, sedangkan pengamatan melalui radar cuaca liputan awan menunjukkan hasil pemantauan yang lebih rinci namun cakupannya lebih sempit.

Jurnal yang berjudul “Analisis Liputan Awan Berdasarkan Citra Satelit Penginderaan Jauh” sangat bermanfaat sekali memberikan pengetahuan dan informasi kepada masyarakat bahwa hal sesulit apapun dapat diselesaikan dengan kemajuan teknologi. Sebagai contoh untuk mengamati karakteristik awan, dapat dilihat menggunakan system penginderaan jauh, dimana dari teknologi tersebut didapatkan gambar mengenai awan dengan skala yang besar dan rinci. Jurnal ini dapat menggugah semangat atau dapat memberi motivasi pada pembacanya untuk lebih bersemangat lagi mengembangkan teknologi-teknologi yang belum ditemukan di dunia ini demi mendukung terciptanya kesejahteraan kehidupan manusia. Pembaca bisa lebih yakin dan sadar bahwa tidak ada yang tidak mungkin dapat diselesaikan di dunia ini menggunakan teknologi, setelah membaca jurnal tersebut di atas. Jurnal tersebut di atas juga memberikan informasi kepada para pembacanya bahwa di masa sekarang ini teknologi yang sudah berkembang du dunia ini sudah banyak yang mutahir, bahwa yang dulunya manusia belum tahu apa-apa seiring bertambahnya waktu banyak inovasi-inovasi yang muncul mengenai perkembangan teknologi, guna membantu kerja manusia di dunia. Satu hal yang menjadi kekurangan dari penulisan jurnal tersebut di atas, dimana dalam penjabaranya dan penjelasanya kurang begitu detail, sehingga membuat pembaca berimajinasi dan mengandai-andai hal yang belum tentu benar dan jelas, harusnya jurnal tersebut di atas disertai gambar-gambar yang mendetail mengenai gambaran obyek yang dijelaskan agar memudahkan pembaca untuk mencerna semua informasi yang ada dan disampaikan dalam jurnal tersebut di atas. 

                                                          Gambar. Remote Sessing

Artikel Bioteknologi

Hallo sobat-sobat sekalian, aq mau berbagi cerita ni
 ehmmm…  intinya tentang BIOINFORMATIK  di dunia perikanan
ni dengerin yah…..

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Bioinformatika adalah  teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya, seperti pengembangan ilmu genetika dalam merekayasa penciptaan  kultivan yang unggul dalam budidaya.

PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah pangkalan data tunggal yang menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental dan dapat membantu sebagai referensi dalam penelitian-penelitian tentang ilmu genetika dalam bidang budidaya perikanan.

http://teknologihasilperikanan-unsri.blogspot.com/2010/04/bioinformatika.html

SIGMUND QORY ANDREAS / BDP / 260 102 101 10017

Tugas Kuliah TI

PERAN DATABASE NCBI DALAM bidang PENgEmbangan biotechnology

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya. Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov. Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein danSNP.

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) menyediakan berbagai macam menu / tools yang dapat memudahkan public untuk mengaksesnya, dan berikut ini adalah penjelasanya :

A.   Entrez

Entrez merupakan sistem pencarian informasi dalam NCBI yang menyediakan akses terintegrasi untuk melakukan sekuensing, pemetaan (mapping) , taksonomi dan data struktural. Entrez juga menyediakan gambaran grafis untuk mapping sekuen dan kromosom. Ciri khas dan keunggulan Entrez adalah kemampuan untuk pencarian informasi terkait sekuen, struktur dan referensi.

B.    Pubmed

Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central. PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat. Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed.

C.    Nucleotide Database

Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA) dan Protein Data Bank (PDB).

D.   GenBank

GenBank merupakan database sekuen genetik dari NIH (National Institutes of Health), berupa koleksi sekuen DNA yang dapat diketahui oleh publik. Database GenBank dibiayai dan didistribusikan oleh NCBI. Data sekuen dikirim ke GenBank oleh peneliti dari seluruh dunia.

E.    Blast

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi gen dan karakter genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui perbandingan

dengan database DNA dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik).

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan    (query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.

2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein.

3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6‐frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein.

4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.

5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

referensi: http://id.shvoong.com/medicine-and-health/genetics/2159489-peran-database-ncbi-dalam-mendukung/#ixzz1dGvUl7j0

Oleh


SIGMUND QORY ANDREAS / 26010210110017 / BDP 2010